En 1429 se estableció el antiguo reino de Ryuukyuu, en la isla principal de Okinawa, bajo el mandato del rey Shou Hashi y el castillo de Shuri se convirtió en el centro del poder político, económico y cultural de la isla. Según registros históricos, el Castillo Shuri se incendió en varias ocasiones y fue reconstruido en cada una de ellas.

En 1925 fue designado como Tesoro Nacional. Sin embargo, con la llegada de la Segunda Guerra Mundial, el ejército japonés decidió establecer cuarteles en el castillo. A finales de mayo de 1945, el barco de guerra estadounidense USS Missouri y otros bombardearon el castillo por tres días. Finalmente, fue incendiado.

Después de la guerra, poco a poco se fue reconstruyendo y en 1992 se reconstruyó el edificio principal de la fortaleza. En el año 2000, junto con otros castillos y lugares relacionados del antiguo reino de Ryuukyuu, fue declarado Patrimonio de la Humanidad para la Unesco. Sin embargo, la mañana del 31 de octubre de 2019 sufrió un incendio que destruyó completamente seis edificios de la fortaleza.